|  |  | acos(...)acos(x)
 Return the arc cosine (measured in radians) of x.
 asin(...)asin(x)
 Return the arc sine (measured in radians) of x.
 atan(...)atan(x)
 Return the arc tangent (measured in radians) of x.
 atan2(...)atan2(y, x)
 Return the arc tangent (measured in radians) of y/x.
 Unlike atan(y/x), the signs of both x and y are considered.
 ceil(...)ceil(x)
 Return the ceiling of x as a float.
 This is the smallest integral value >= x.
 center(numpoints, refcoords)Center a molecule using equally weighted points
 Parameters
 numpoints: Number of points
 refcoords: List of reference coordinates, with each set
 a list of form [x,y,z] (list)
 Returns
 refcenter: Center of the set of points (list)
 relcoords: Moved refcoords relative to refcenter (list)
 cos(...)cos(x)
 Return the cosine of x (measured in radians).
 cosh(...)cosh(x)
 Return the hyperbolic cosine of x.
 exp(...)exp(x)
 Return e raised to the power of x.
 fabs(...)fabs(x)
 Return the absolute value of the float x.
 findCoordinates(numpoints, refcoords, defcoords, defatomcoords)Driver for the quaternion file.  Provide the coordinates as inputsand obtain the coordinates for the new atom as output.
 
 Parameters
 numpoints:     The number of points in each list (int)
 refcoords:     The reference coordinates, a list of lists of form
 [x,y,z] (list)
 defcoords:     The definition coordinates, a list of lists of form
 [x,y,z] (list)
 defatomcoords: The definition coordinates for the atom to be
 placed in the reference frame (list)
 Returns
 newcoords:     The coordinates of the new atom in the
 reference frame (list)
 floor(...)floor(x)
 Return the floor of x as a float.
 This is the largest integral value <= x.
 fmod(...)fmod(x,y)
 Return fmod(x, y), according to platform C.  x % y may differ.
 frexp(...)frexp(x)
 Return the mantissa and exponent of x, as pair (m, e).
 m is a float and e is an int, such that x = m * 2.**e.
 If x is 0, m and e are both 0.  Else 0.5 <= abs(m) < 1.0.
 hypot(...)hypot(x,y)
 Return the Euclidean distance, sqrt(x*x + y*y).
 jacobi(a, nrot)Jacobi diagonalizer with sorted output, only good for 4x4 matrices
 Parameters
 a:    Matrix to diagonalize (4x4 list)
 nrot: Maximum number of sweeps
 Returns
 d:    Eigenvalues
 v:    Eigenvectors
 ldexp(...)ldexp(x, i) -> x * (2**i)
 log(...)log(x) -> the natural logarithm (base e) of x.
 log10(...)log10(x) -> the base 10 logarithm of x.
 modf(...)modf(x)
 Return the fractional and integer parts of x.  Both results carry the sign
 of x.  The integer part is returned as a real.
 pow(...)pow(x,y)
 Return x**y (x to the power of y).
 q2mat(q)Generate a left rotation matrix from a normalized quaternion
 Parameters
 q:  The normalized quaternion (list)
 Returns
 u:  The rotation matrix (2-dimensional list)
 qchichange(initcoords, refcoords, angle)Change the chiangle of the reference coordinate using theinitcoords and the given angle
 
 Parameters
 initcoords: Coordinates based on the point and basis atoms
 (one dimensional list)
 difchi    : The angle to use (float)
 refcoords : The atoms to analyze (list of many coordinates)
 Returns
 newcoords : The new coordinates of the atoms (list of many coords)
 qfit(numpoints, refcoords, defcoords)Method for getting new atom coordinates from sets of referenceand definition coordinates.
 
 Parameters
 numpoints: The number of points in each list (int)
 refcoords: List of reference coordinates, with each set
 a list of form [x,y,z] (list)
 defcoords: List of definition coordinates, with each set
 a list of form [x,y,z] (list)
 qtransform(numpoints, defcoords, refcenter, fitcenter, rotation)Transform the set of defcoords using the reference center, the fitcenter, and a rotation matrix.
 
 Parameters
 numpoints: The number of points in each list (int)
 defcoords: Definition coordinates (list)
 refcenter: The reference center (list)
 defcenter: The definition center (list)
 rotation:  The rotation matrix (list)
 Returns
 newcoords: The coordinates of the new point (list)
 qtrfit(numpoints, defcoords, refcoords, nrot)Find the quaternion, q, [and left rotation matrix, u] that minimizes| qTXq - Y | ^ 2 [|uX - Y| ^ 2]
 This is equivalent to maximizing Re (qTXTqY)
 The left rotation matrix, u, is obtained from q by
 u = qT1q
 
 Parameters
 numpoints: The number of points in each list (int)
 defcoords: List of definition coordinates, with each set
 a list of form [x,y,z] (list)
 refcoords: List of fitted coordinates, with each set
 a list of form [x,y,z] (list)
 nrot     : The maximum number of jacobi sweeps
 Returns
 q        : The best-fit quaternion
 u        : The best-fit left rotation matrix
 rotmol(numpoints, x, u)Rotate a molecule
 Parameters
 numpoints:  The number of points in the list (int)
 x:          The input coordinates (list)
 u:          The left rotation matrix (list)
 Returns
 out:        The rotated coordinates out=u * x (list)
 sin(...)sin(x)
 Return the sine of x (measured in radians).
 sinh(...)sinh(x)
 Return the hyperbolic sine of x.
 sqrt(...)sqrt(x)
 Return the square root of x.
 tan(...)tan(x)
 Return the tangent of x (measured in radians).
 tanh(...)tanh(x)
 Return the hyperbolic tangent of x.
 translate(numpoints, refcoords, center, mode)Translate a molecule using equally weighted points
 Parameters
 numpoints: Number of points
 refcoords: List of reference coordinates, with each set
 a list of form [x,y,z] (list)
 center:    Center of the system(list)
 mode:      If 1, center will be subtracted from refcoords
 If 2, center will be added to refcoords
 Returns
 relcoords: Moved refcoords relative to refcenter (list)
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